A Xunta Arbitral do Convenio Económico é un órgano de deliberación e resolución dos conflitos que se susciten entre a Administración Tributaria do Estado e a Facenda Foral de Navarra, ou entre esta e a Administración de calquera Comunidade Autónoma en materia tributaria:

1. A aplicación dos puntos de conexión dos tributos convidos. O denominado «punto de conexión» é o criterio polo cal o Convenio Económico determina que normativa é de aplicación, común ou foral, e cal é a Administración á que se lle atribúe o rendemento ou a competencia exactora dun determinado tributo convido. 
2. A determinación da proporción correspondente a cada Administración nos supostos de tributación conxunta polo Imposto sobre Sociedades ou polo Imposto sobre o Valor Engadido. O Convenio Económico determina os casos nos que a empresa debe tributar exclusivamente a unha Administración e os casos que debe tributar de forma compartida á Facenda Foral de Navarra e ó resto do territorio español. Neste segundo caso, establécense regras para fixar que porcentaxe da débeda debe ingresarse en cada territorio. 
3. A interpretación e aplicación do Convenio Económico entre o Estado e a Comunidade Foral de Navarra nos casos concretos relativos a relacións tributarias individuais. 
4. As discrepancias sobre a domiciliación dos contribuíntes.