A Xunta Arbitral do Concerto Económico é un órgano de deliberación e resolución dos conflitos que se susciten entre a Administración Tributaria do Estado e as Deputacións Forais, ou entre estas e a administración de calquera comunidade autónoma en materia tributaria:

1. A aplicación dos puntos de conexión dos tributos concertados. O denominado "punto de conexión" é o criterio polo cal o Concerto Económico determina que normativa é de aplicación, común ou foral, e cal é a administración á que se lle atribúe o rendemento ou a competencia exactora dun determinado tributo concertado.
2. A determinación da proporción correspondente a cada administración nos supostos de tributación conxunta polo Imposto sobre Sociedades ou polo Imposto sobre o Valor Engadido. O Concerto Económico determina os casos nos que a empresa debe tributar exclusivamente a unha administración e os casos que debe tributar compartidamente ao País Vasco e ao resto do territorio español. Neste segundo suposto establécense regras para fixar que porcentaxe da débeda debe ingresarse en cada territorio.
3. A interpretación e aplicación do Concerto Económico coa Comunidade Autónoma do País Vasco a casos concretos concernentes a relacións tributarias individuais.
4. As discrepancias acerca da domiciliación dos contribuíntes.