La Junta Arbitral del Convenio Económico es un órgano de deliberación y resolución de los conflictos que se susciten entre la Administración Tributaria del Estado y la Hacienda Foral de Navarra, o entre ésta y la Administración de cualquier Comunidad Autónoma en materia tributaria:

1. La aplicación de los puntos de conexión de los tributos convenidos. El denominado «punto de conexión» es el criterio por el cual el Convenio Económico determina qué normativa es de aplicación, común o foral, y cuál es la Administración a la que se le atribuye el rendimiento o la competencia exactora de un determinado tributo convenido.
2. La determinación de la proporción correspondiente a cada Administración en los supuestos de tributación conjunta por el Impuesto sobre Sociedades o por el Impuesto sobre el Valor Añadido. El Convenio Económico determina los casos en los que la empresa debe tributar exclusivamente a una Administración y los casos que debe tributar de forma compartida a la Hacienda Foral de Navarra y al resto del territorio español. En este segundo supuesto se establecen reglas para fijar qué porcentaje de la deuda debe ingresarse en cada territorio.
3. La interpretación y aplicación del Convenio Económico entre el Estado y la Comunidad Foral de Navarra a casos concretos concernientes a relaciones tributarias individuales.
4. Las discrepancias acerca de la domiciliación de los contribuyentes.