La Secretaria General de Fons Europeus és l'òrgan directiu al que correspondrà l'adreça, l'impuls i la coordinació de les competències atribuïdes al Ministeri d'Hisenda en relació amb la definició de la posició espanyola en les negociacions per a l'aprovació i revisió dels successius Marcs Financers Plurianuals de la Unió Europea, el disseny, planificació, coordinació i seguiment de les actuacions relatives als fons europeus i al seu finançament i les relacions pressupostàries amb la Unió Europea, la Política de Cohesió i la política econòmica regional, la política d'incentius regionals, el Mecanisme de Recuperació i Resiliència i el Pla Nacional de Recuperació i Resiliència.