La Junta Arbitral del Conveni Econòmic és un òrgan de deliberació i resolució dels conflictes que se suscitin entre l’Administració Tributària de l’Estat i la Hisenda Foral de Navarra, o entre aquesta i l’Administració de qualsevol Comunitat Autònoma en matèria tributària:

1. L’aplicació dels punts de connexió dels tributs convinguts. L’anomenat «punt de connexió» és el criteri pel qual el Conveni Econòmic determina quina normativa s’aplica, comuna o foral, i quina és l’Administració a la qual se li atribueix el rendiment o la competència recaptadora d’un tribut convingut determinat. 
2. La determinació de la proporció corresponent a cada Administració en els supòsits de tributació conjunta per l’impost sobre societats o l’impost sobre el valor afegit. El Conveni Econòmic determina els casos en què l’empresa ha de tributar exclusivament en una Administració i els casos en què ha de tributar de manera compartida a la Hisenda Foral de Navarra i a la resta del territori espanyol. En aquest segon supòsit s'estableixen regles per fixar quin percentatge del deute s'ha d'ingressar a cada territori.
3. La interpretació i l’aplicació del Conveni Econòmic entre l’Estat i la Comunitat Foral de Navarra a casos concrets referents a relacions tributàries individuals.
4. Les discrepàncies sobre la domiciliació dels contribuents.