La Junta Arbitral del Concert Econòmic és un òrgan de deliberació i resolució dels conflictes que se suscitin entre l’Administració Tributària de l’Estat i les Diputacions Forals, o entre aquestes i l’Administració de qualsevol Comunitat Autònoma en matèria tributària:

1. L’aplicació dels punts de connexió dels tributs concertats. L’anomenat “punt de connexió” és el criteri pel qual el Conveni Econòmic determina quina normativa és d'aplicació, comuna o foral, i a quina administració s'atribueix el rendiment o la competència exactora d'un determinat tribut concertat.
2. La determinació de la proporció corresponent a cada Administració en els supòsits de tributació conjunta per l’impost sobre societats o l’impost sobre el valor afegit. El Concert Econòmic determina els casos en què l’empresa ha de tributar exclusivament a una administració i els casos en què ha de tributar compartidament al País Basc i a la resta del territori espanyol. En aquest segon supòsit s'estableixen regles per fixar quin percentatge del deute s'ha d'ingressar a cada territori.
3. La interpretació i aplicació del Concert Econòmic amb la Comunitat Autònoma del País Basc a casos concrets relatius a relacions tributàries individuals.
4. Les discrepàncies sobre la domiciliació dels contribuents.